本会は、独立行政法人日本学術振興会法（平成14年12月13日法律第159号）に基づき、学術研究の助成、研究者の養成のための資金の支給、学術に関する国際交流の促進、その他学術の振興に関する事業を行うため、平成15年10月1日に設立された文部科学省所管の独立行政法人です。

本会の前身は、天皇陛下から学術奨励のため文部大臣に下賜された150万円により、昭和7年12月に創設された財団法人日本学術振興会であり、その後、昭和42年9月に日本学術振興会法に基づき、特殊法人となりました。７０年余にわたり我が国の学術振興を担う中核機関として様々な事業を展開してきましたが、平成15年10月、業務の弾力化・効率化を図り、研究者や学術研究機関へのサービスの一層の向上をめざして、独立行政法人として新たにスタートいたしました。